Selective local lysis and sampling of biological samples

Selective local lysis and sampling of biological samples

Veröffentlicht am 14.12.2018 , Schlagwörter: Labor Setup, Publikation

In ihrem wissenschaftlichen Artikel berichten Kashyap et al. von der Arbeitsgruppe Dr. Govind Kaigala am IBM Research Zürich über eine neue Methode zur lokalen Zelllyse adhärenter Zellen innerhalb einer Mikrofluidiksonde für die genomische sowie transkriptionelle Profilierung.

Labor Setup

Für die Handhabung und lokale Analyse biologischer Proben (z.B. Co-Kulturen) wurde eine mikrofluidische Sonde eingesetzt. Um den mikroskalierten lokalen Einschluss der Biochemikalien zu realisieren, wurde ein gleichzeitiger Injektions- und Aspirationsprozess angewandt- hydrodynamic flow confinement. Der Liquid-Handling-Prozess wurde mit 4 neMESYS Niederdruck-Spritzenpumpen realisiert. Große Lysatvolumina (>100 µl) wurden mit einer Spritze durch die assoziierende Aspirationspumpe gesammelt. Kleinere Probenvolumina (<10 µL) wurden direkt am mikrofluidischen Sondenkopf mittels neMESYS Niederdruck-Spritzenpumpe gesammelt und anschließend in ein PCR-Gefäß injiziert. Dazwischenliegende Lysatvolumina (≈ 50 µL) wurden direkt in die Probenschleife des Qmix V extrahiert.

Labor Setup für die selektive lokale Lyse und Probenahme von biologischen Proben

Zusammenfassend lässt sich sagen, dass basierend auf dem neMESYS Spritzenpumpensystem und den Features der Automatisierungssoftware QmixElements, ein neuartiges Setup für die Zelllyse und Probensammlung realisiert werden konnte. Dabei unterstützen 5 Spritzenpumpen die notwendige Injektion und Absaugung der unabhängigen Ströme verschiedener Reagenzien, die eine kontinuierliche Zelllyse zur Generierung hochkonzentrierter Lysate für die DNA Analyse gewährleisten. Weiterhin stellt neben der mikrofluidischen Probe und der Peripherie (motorisierter XYZ-Tisch und Mikroskop) das neMESYS System durch die zuverlässige Präzision sowie dem pulsationsfreien Fluss in Kombination mit der einzigartigen Kontrollsoftware eine ideale Lösung für diese Kundenapplikation dar.

Verwendete CETONI Produkte:

Literatur:

Kashyap A., Autebert J., Delamarche E., Kaigala G. V., Selective local lysis and sampling of live cells for nucleic acid analysis using a microfluidic probe. Sci Rep 2016, 6 (29579). DOI: 10.1038/srep29579


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Schlagwörter

Hardware, Labor Setup, Publikation, Produktneuigkeiten, Software, Tutorial